"Regeringen har beslutat om stopp för att röra sig in och ut från de båda flyktinglägren Kakuma och Dadaab", skriver inrikesminister Fred Matiangi på Twitter.
Beslutet gäller från och med onsdagen.
Dadaablägret ligger i östra Kenya och hyser runt 217 000 människor och i Kakumalägret i landets nordvästra del lever omkring 190 000.
I Kenya har 384 fall av coronavirus registrerats sedan den 13 mars och 14 människor har enligt officiell statistik avlidit till följd av viruset.
Ännu har inga fall rapporterats från de mycket trångbodda lägren där flyktingarna i första hand kommer från Somalia, Etiopien och Sydsudan. Många av dem har levt i lägren i mer än 20 år.
Hjälporganisationer har varnat för att virusutbrott inne i lägren skulle leda till en katastrof.
I Kenya råder för närvarande inte någon fullskalig stängning av landet men nattligt utegångsförbud är infört och i fem städer, inklusive huvudstaden Nairobi, tillåts inte människor resa ut och in.