"Jag kommer att avgå i tidiga december och ställa upp i valet som en vanlig medborgare. Om jag väljs blir jag president. Om inte, förblir jag en vanlig medborgare", säger han i ett uttalande.
51-åringen, som fram tills för några veckor sedan satt i fängelse för kidnappning, tog nyligen över makten från den sittande presidenten Sooronbaj Jeenbekov efter veckor av protester mot det kritiserade parlamentsvalet den 4 oktober.
Japarov utlovade då nya parlamentsval i december, men tvärvände kort därefter genom att avlysa valen och upplösa valkommissionen. Han uppmanade även till grundlagsändringar i syfte att få ställa upp i val för att officiellt kunna röstas fram som president – något som inte är tillåtet för en tillförordnad ledare enligt den nuvarande kirgiziska konstitutionen.